| Investigador Principal (IP):Carracedo Álvarez, Angel | Código:PI13/01136 | |
| Convocatoria:Acción Estratégica en Salud 2013 (AES2013) – Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO) | ||
| Presupuesto:298.000,00€ | Fecha inicio:01/01/2014 | Duración:3 años |
| Objeto:Diseño y fabricación de un array de variación funcional en exomas incluyendo variación rara, para enfermedades genéticamente complejas y de respuesta a fármacos partiendo de datos de secuenciación de exomas de población española
El array se validará en 1000 controles y se aplicará, como prueba de concepto, a la búsqueda de genes implicados en cáncer colorrectal y biomarcadores de respuesta a quimioterapia (FOLFOX y FOLFIRI) en un estudio de asociación con 2000 casos y controles tipo GWAS que se combinará con un análisis de interacciones de variantes en rutas candidatas. Los hallazgos se replicarán y validarán en consorcios internacionales. Palabras clave:variantes genéticas, herencia, cáncer colorrectal (CCR), biomarcadores, arrays de exomas, secuenciación, GWAS, tecnologías genómicas; consorcio. |
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EQUIPO
| Apellidos | Nombre | Titulación/ Categoría |
| Carracedo Álvarez | Ángel | Medicina, doctor |
| Torres Español | María | Biología, doctor |
| Sobrino Rey | Beatriz | Biología, doctor |
| Amigo Lechuga | Jorge | Bioinformática, doctor |
| Cruz Guerrero | Raquel | Estadística, doctor |
| Quintela García | Inés | Biología, doctor |
| Celeiro Muñoz | Catuxa | Medicina, Licenciado |
ENTIDADES PARTICIPANTES Y COLABORADORAS
| Nombre | Siglas | Tipo/ Categoría |
| Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica | FPGMX | Organismo público |
| Centro Nacional de Genotipado | CeGEN | Organismo público |
| Instituto de Investigaciones Sanitarias de Santiago | IDIS | Organismo público |
| Centro de Supercomputación de Galicia | CESGA | Organismo público |
| Servizo Galego de Saúde | SERGAS | Organismo público |
| Instituto de Medicina Preventiva y Personalizada del Cáncer | IMPPC | Organismo público |
| Hospital Clinic | CLINIC | Organismo público |
| Servizo Nacional de Salud
(grupos de investigación y/o centros asistenciales) |
SNS | Organismo público |
Objetivos.
Diseñar un array de variación funcional en exomas de población española que incluya variación rara.
Validar el array en 1000 casos de población control española.
Realizar, como prueba de concepto, un estudio de asociación caso-control y explorar la variación funcional en 2000 casos de cáncer colorrectal (proyecto EPICOLON y RGCCR).
Analizar variaciones funcionales de eficacia y toxicidad a los quimioterápicos de uso habitual (básicamente FOLFOX y FOLFIRI) con estas muestras.
Reproducir los hallazgos en el contexto del consorcio COGENT y búsqueda de otras variantes por secuenciación en los genes candidatos encontrados y pruebas funcionales en colaboración con el Dr. IanTomlinson (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, University of Oxford).
Población objeto de estudio.
Se utilizarán aprox 1300 casos y 800 controles recogidas por el consorcio EPICOLON(Castellvi-Bel S et al. Mutagenesis 27(2):153-159; 2012), preferentemente las recogidos en la segunda fase y se complementarán con 700 casos y 200 controlesrecogidas con las mismas condiciones por el consorcio REGICC. Además se dispondrá de los datos de exomas obtenidos en los servidores para el diseño del array (otros 1000 individuos). El tamaño muestral efectivo será así de 2000 casos y 2000 controles, aunque solo será necesario analizar 3000 individuos (los otros 1000 controles serán los datos originales de exomas). Aunque la subestratificación será controlada de forma minuciosa en el análisis se procurará un apareamiento entre casos y controles lo más exacto posible por sexo, edad y especialmente origen geográfico de las muestras.
Plan de trabajo y cronograma.
Estatus actual/ Resultados.
Proyecto en curso. ND
Publicaciones asociadas.
Rudolph et al.An investigation of gene-environment interactions between 47 newly identified breast cancer susceptibility loci and environmental risk factors.Int J Cancer. 2014 Sep 16. doi: 10.1002/ijc.29188.
Esteban Jurado et al.Whole-exome sequencing identifies rara pathogenic variants in new predisposition genes for familial colorectal cancer.Genetics in Medicine. DOI 10.1038/gim.2014.89
